Proyecto
Secuenciación del genoma de la papa: Fortalecimiento de capacidades regionales en biotecnología a través de la exploración y valoración del genoma de la papa, un cultivo de las Américas
| Rubro | Papa |
|---|---|
| Dependencia | Rayentue - Rengo |
| Duración | Desde 01-10-2009 Hasta 30-06-2011 |
| Encargado (a) | Boris Sagredo Diaz |
Objetivo General
Contribuir a la secuenciación del Genoma de la papa y desarrollar capacidades locales para fortalecer plataforma de genómica-bioinformática en Chile
Objetivos Específicos
- Obtener la secuencia del genoma de los genotipos DM (doble haploide homocigoto) y RH (diploide homocigoto) mediante la estrategia WGS utilizando plataforma Solexa-Ilumina and 454-titanium.
- 2.Generar un mapa genético ultra saturado de DM y generar marcadores ?anclas? para facilitar el ensamblaje de secuencias.
- Secuenciar el transcriptoma de papa de diferentes tejidos y de respuesta a estrés biótico y abiótico
- Desarrollar una plataforma bioinformática publica para alojar bases de datos
- Aumentar capacidades en genómica y bioinformática del INIA, para crear y/o robustecer una plataforma en apoyo a los programas de mejoramiento genético en Chile
Publicaciones
- Sagredo B, Lorenzen J, Casper H, Lafta A (2010) Linkage analysis of a rare alkaloid present in a tetraploid potato with Solanum chacoense background. Theoretical and Applied Genetics: 1-8. DOI:10.1007/s00122-010-1461-z (2010)
- Yang S, Li R, Wang J, Orjeda G, Chakrabarti SK, Skryabin KG, Martin DMA, Sagredo B, Zagorski W, Huang S, Qu D, Giuliano G, Feingold SE, Buell CR, Bryan GJ, Milbourne D, Jacobs JE, Nielsen KL, Jiang J, Bachem CWB et al (2011) Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. Nature 475:189-197 (2011)
Presentaciones en Congresos
- Sagredo, B., Mejias, N., Di Genova, A., Orjeda, G., Feingold, S. y Melo, PE de. 2010. CONSORCIO DE SECUENCIACIÓN DEL GENOMA DE LA PAPA: APORTES LATINOAMERICANOS Y CÓMO USAR ESTA INFORMACIÓN EN EL DESARROLLO DE NUEVAS VARIEDADES. En:SIMPOSIO: ?GENÓMICA EN ESPECIES DE INTERÉS PRODUCTIVO. XIV CONGRESO LATINOAMERICANO DE GENÉTICA 1-5 Octubre 2010. Viña del Mar, Chile (2010)
- Carboni MF, Colman SL, D?Ambrosio JM, Divito SB, Clausen AM, Sagredo B, Orjeda G, de Melo P, Feingold SE. Variabilidad alélica de marcadores moleculares asociados a invertasas en papas nativas y comerciales de Sudamérica. VIII Simposio REDBIO Argentina 2011, 13-15 Noviembre, 2011- Buenos Aires, Argentina. Poster S4-78. (2011)
- D Ambrosio JM, Carboni MF, Divito SB, Digilio A, Sagredo B, Orjeda G, de Melo P, Feingold SE. Variabilidad alélica en genes del metabolismo del ácido clorogénico en 285 variedades de papas nativas y comerciales de Argentina, Chile y Perú. VIII Simposio REDBIO Argentina 2011, 13-15 Noviembre, 2011- Buenos Aires, Argentina. Poster S4-96. (2011)
- Barra, M. , Orjeda, G., de Melo, P., Feingold, S.E. and Sagredo, B. 2011. Detection of QTL associated with resistance to water stress in Solanum tuberosum by associative mapping. "Taller de Genómica Vegetal y Biología de Sistemas. 10-11 Nov 2011. Hotel San Francisco, Stgo, Chile. (Poster) http://www.biologiachile.cl/blog/?p=1793 (2011)