Proyecto

Objetivo General

Conocer la diversidad alélica de los genes candidatos asociados a tolerancia a la hipoxia radicular entre especies de Prunus sp, que están siendo utilizados como portainjertos en frutales de carozo. E identificar aquellos alelos de genes que estén más estrechamente ligados a QTL de tolerancia a hipoxia dentro de una progenie segregante hibrida de ciruelo y durazno.

Objetivos Específicos

• Identificar genes candidatos asociados con hypoxia radicular en Prunus spp usando estrategias de comparación de perfiles de transcriptomas de genotipos contrastantes y genómica comparativa, apoyado en información generadas en otras especies de plantas.
• 2.Establecer la diversidad alélica de los genes candidatos asociados con hipoxia radicular en una población de especies y genotipos de Prunus spp.
• 3.Generar una progenie hibrida segregante (Ciruelo x Durazno) e identificar los alelos de genes candidatos más estrechamente ligados a los QTL de tolerancia a hipoxia

Publicaciones

1. Arismendi M, Almada R, Pimentel P, Bastias A, Salvatierra A, Rojas P, Hinrichsen P, Pinto M, Di Genova A, Travisany D, Maass A, Sagredo B (2015) Transcriptome sequencing of Prunus sp. rootstocks roots to identify candidate genes involved in the response to root hypoxia. Tree Genetics & Genomes 11:1-16 (2015)
2. Bastías A, Correa F, Rojas P, Almada R, Muñoz C, et al. (2016) Identification and Characterization of Microsatellite Loci in Maqui (Aristotelia chilensis [Molina] Stunz) Using Next-Generation Sequencing (NGS). PLOS ONE 11(7): e0159825. doi: 10.1371/journal.pone.0159825 (2016)
3. Guajardo V, Solís S, Sagredo B, Gainza F, Muñoz C, Gasic K, et al. (2016) Construction of High Density Sweet Cherry (Prunus avium L.) Linkage Maps Using Microsatellite Markers and SNPs Detected by Genotyping-by-Sequencing (GBS). PLoS ONE 10(5): e0127750. doi:10.1371/journal.pone.0127750 (2016)
4. Bastias A., Almada R., Rojas P., Donoso J.M., Hinrichsen P. and Sagredo B. 2016. AGING GENE PATHWAY OF MICRORNAS 156/157 AND 172 IS ALTERED IN JUVENILE AND ADULT PLANTS FROM IN VITRO PROPAGATED Prunus sp.Ciencia e Investigación Agraria 43 (3)347-355. (2016)

Presentaciones en Congresos

• Bastias A, Rojas P, Almada R, Valdivia N, Felmer S, Muñoz C, Sagredo B (2015) Evaluation of antibacterial activity from maqui (Aristotelia chilensis) leaves. X Reunión de Biología Vegetal 1-4 Diciembre 2015, Valdivia (2015)
• Riquelme S, Sagredo B, Pinto M, Barra M (2015) Identification of SSR markers to drought tolerance against water stress in potato (Solanum tuberosum). 11th Congreso Internacional de Biología Molecular de Plantas (IPMB 2015) Foz de Iguazú, Brasil, 25 al 30 de Octubre de 2015 (2015)
• Sagredo B, Almada R, Bastias A, Rojas P (2015) GENES CANDIDATOS DE TOLERANCIA A HIPOXIA EN PORTAINJERTOS DE Prunus sp. . XLVIII Reunión Anual de la Sociedad de Genética de Chile 22 al 24 de Octubre de 2015 Valdivia (2015)
• Rubén Almada, María J. Arismendi, Ariel Salvatierra, Paula Pimentel, Alex Di Genova, Alejandro Maas, Dante Travisany, Manuel Pinto, Patricio Hinrichsen, Adriana Bastias, Boris Sagredo. Transcriptome sequencing of Prunus sp. rootstocks roots to identify candidate genes involved in the response to root asphyxia. 7th Rosaceae Genome Conference RGC7, Seattle, USA, 24-26 June 2014 (2014)
• Almada R, Arismendi MJ, Pimentel P, Rojas P, Hinrichsen P, Salvatierra A, Pinto M, Sagredo B (2015) Class 1 non-symbiotic and class 3 truncated hemoglobin-like genes are differentially expressed in stone fruit rootstocks (Prunus L.) with different degrees of tolerance to root hypoxia. 11th Congreso Internacional de Biología Molecular de Plantas (IPMB 2015) Foz de Iguazú, Brasil, 25 al 30 de Octubre de2015 (2015)
• María José Arismendi, Rubén Almada, Paula Pimentel, Patricio Hinrichsen, Manuel Pinto, Alex DiGenova, Dante Travisany, Alejandro Maass, Boris Sagredo. 2012. CHARACTERIZATION OF ROOT TRANSCRIPTOME DYNAMICS OF PRUNUS sp. ROOTSTOCKS WITH CONTRASTING RESPONSE TO HYPOXIA. VII Reunión de Biología Vegetal. 3 al 6 de Diciembre de 2012. Pucón, Chile. (2012)
• Claudia Gómez, María José Arismendi, Patricio Hinrichsen, Rubén Almada,Paula Pimentel, Manuel Pinto, Rodrigo Contreras, Carlos Figueroa,and Boris Sagredo.2012. ADVANCES IN THE CHARACTERIZATION OF ALLELIC DIVERSITY OF CANDIDATE GENES IN RESPONSE TO HYPOXIC STRESS IN PRUNUS.VII Reunión de Biología Vegetal. 3 al 6 de Diciembre de 2012. Pucón, Chile. (2012)
• María José Arismendi, Rubén Almada, Paula Pimentel, Patricio Hinrichsen, Manuel Pinto, Alex Di Genova, Dante Travisany, Alejandro Maass, Boris Sagredo. 2012. Análisis transcripcional mediante RNA-seq de portainjertos de frutales de carozos (Prunus sp. L.) con respuesta contrastante a condiciones de hipoxia en la raíz. XXIX Reunión Argentina de Fisiología Vegetal. 17-20 Septiembre 2012. Pág. 289. Panel (2012)
• Claudia Gómez, María José Arismendi, Patricio Hinrichsen, Rubén Almada, Paula Pimentel, Manuel Pinto1, Boris Sagredo y Carlos Figueroa.2012. Avances en la caracterización de diversidad alélica de genes candidatos de respuesta a estrés por hipoxia en Prunus spp."1° Congreso Nacional de Estudiantes de Ingeniería en Biotecnología CONEIB 2012" y "VII Encuentro Nacional de Estudiantes de Ingeniería en Biotecnología", Antofagasta 17 y 19 de Octubre 2012. (2012)
• Contreras R, Solis S, Almada R, Pimentel P, Gainza F, Sagredo B (2013) ALLELIC IDENTIFICATION OF CANDIDATE GENES OF RESPONSE TO HYPOXIA IN POLLEN OF PRUNUS SP. USING INTRON-SSR. VIII Reunión de Biología Vegetal 2-5 Dic 2013. Pucón, Región de la Araucania, Chile (2013)
• Gómez C, Arismendi MJ, Hinrichsen P, Almada R, Pimentel P, Pinto M, Contreras R, Sagredo B (2013) ALLELIC DIVERSITY OF CANDIDATE GENES IN RESPONSE TO HYPOXIC STRESS IN PRUNUS. VIII Reunión de Biología Vegetal 2-5 Dic 2013. Pucón, Región de la Araucania, Chile (2013)
• Solis S, Contreras R, Salvatierra A, Almada R, Pimentel P, Pinto M, Sagredo B (2013) IN SILICO ANALYSIS OF MOTIFS PROMOTERS AND EXPRESSION OF ALCOHOL DEHYDROGENASE RELATED GENES (E.C 1.1.1.1) IN PRUNUS SP. L. ROOTSTOCKS WITH CONTRASTING RESPONSE TO HYPOXIA. VIII Reunión de Biología Vegetal 2-5 Dic 2013. Pucón, Región de la Araucania, Chile (2013)

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